El Delta es uno de los lugares con mayor biodiversidad en el mundo. Una gran variedad de hábitats han surgido dentro del Delta, tanto terrestres como marinos. Selvas tropicales mixtas, donde predominan inmensas palmeras que prevalecen sobre gran parte de tierra firme, con una gran variedad de flora incluyendo árboles frutales, orquídeas, bromelias y helechos; los últimos proliferan en el aire húmedo del túnel formado por el espeso follaje.

 

Los pantanos y las ciénagas están colmados de plantas acuáticas y los estuarios que van hacia al océano están cubiertos de manglares. A través de todo el Delta, los caños mismos tienen formas totalmente diversas, los anchos canales se convierten en pequeños riachuelos, lagunas y piscinas aisladas. Algunos, llenos de sedimentos son marrones, otros negros por el efecto de los ácidos tánicos. Muchos están cubiertos de enormes prados flotantes de bora (Lirio acuático) y gramas, que son arrastradas lentamente con la corriente.